W skład Muzeum wchodzą:
- Pałac Wielopolskich w Częstocicach
- Muzeum Archeologiczne i Rezerwat Krzemionki
W Muzeum występują następujące samodzielne stanowiska pracy i komórki organizacyjne:
- Główny Księgowy,
- Główny Inwentaryzator (GI),
- Dział Archeologii (AR),
- Dział Historii (HI),
- Dział Sztuki i Rzemiosła Artystycznego (SR),
- Dział Naukowo – Edukacyjny (NE),
- Dział Promocji (PR),
- Dział Obsługi Ruchu Turystycznego (RT),
- Dział Administracyjno – Techniczny (AT),
- Referat Przyrodniczy,
- Referat Finansowy.
Ponadto w Muzeum funkcjonują:
- Archiwum Zakładowe,
- Biblioteka,
- Magazyn Muzealiów.
Przy Muzeum działa Rada Muzeum (RM) jako organ opiniodawczy i doradczy Dyrektora, sprawujący nadzór nad wypełnianiem przez Muzeum celów statutowych.
W Muzeum działa stała Komisja Kwalifikowania, Wyceny i Zakupu Zabytków.
Kompetencje poszczególnych Działów Muzeum wymienione są w Regulaminie Organizacyjnym.